Embora seja um ecossistema tropical, também pode ocorrer climas temperados, sendo normalmente substituído por outros ecossistemas mais adequados as altas latitudes, como as marismas. Quanto a temperatura e a precipitação pluvial, as condições ideais para desenvolvimento dos manguezais estão próximas às seguintes:

• Temperaturas médias acima de 20^o C;
• Média das temperaturas mínimas não inferior a 15^o C;
• Amplitude térmica anual menor que 5^o C;
• Precipitação pluvial acima de 1500mm/ano, sem prolongados períodos de seca.

A Salinidade intersticial é uma parâmetro de grande importância uma vez que pode interferir no desenvolvimento de plantas, altura das árvores e distribuição de folhas. As espécies vegetais dos manguezais são plantas halófitas, próprias de ambientes salinos. Embora essas plantas possam se desenvolver em ambientes livres da presença do sal, em tais condições não ocorre formação de bosques, pois perdem espaço na competição com plantas de crescimento rápido, melhor adaptadas a presença de água doce.

As marés são os principais mecanismos de penetração das águas salinas nos manguezais. Essas inundações periódicas tornam o substrato favorável a colonização pela vegetação de mangue, isto porque excluem plantas que não possuem mecanismos de adaptação para suportar a presença do sal.

A distância máxima de penetração de água salgada determina o limite do manguezal em direção à terra que pode atingir dezenas de quilômetros em direção às montanhas dos grandes rios.

A amplitude de maré determina a renovação das águas superficiais e intersticiais, levando consigo certa quantidade de oxigênio. Essa renovação tem papel importante, seleção e fixação de propágulos, bem como no transporte e distribuição de matéria orgânica particulada e/ou dissolvida (folhas, galhos, restos de animais), para as regiões adjacentes.

Os sedimentos do manguezal possuem características variáveis devido às suas diferentes origens. Esses substratos podem ser originados no próprio ambiente, pela decomposição de folhas, galhos, restos de animais (solos conhecido como turfas). Podem ainda ser formados a partir de produtos de rochas de diferentes natureza, associados a materiais vulcânicos, graníticos, gnaíssicos ou sedimentares, associados a restos de plantas e de animais, trazidos de fora do ambiente por ondas, ventos, correntes litorâneas ou fluxo de rios.

Os substratos dos manguezais, de modo geral, têm muita matéria orgânica, alto conteúdo de sal, são poucos consistentes e possuem cor cinza escuro, com exceção dos embasamentos de recifes de coral e ambientes denominados por areias.

A própria cobertura vegetal pode modificar as características do substrato devido à maior ou menor contribuição em matéria orgânica. As condições ambientais, como precipitação, marés, correntes, ondas, aporte de rios, tormentas, ventos fortes, podem alterar suas características.

Embora os manguezais também possam se desenvolver em diferentes substratos, como os constituídos por partículas mais grosseiras (recife de coral, areias), eles se desenvolvem melhor em locais onde o substrato se apresenta menos consistente, com baixa declividade e granulométria fina.